Passagiere können für Air Mauritius Flüge ab 24 Stunden bis 3 Stunden vor der geplanten Abflugzeit einchecken. Der Online-Check-in ist für Reisende aus Mauritius (ausgenommen sind Flüge nach Dubai), Antananarivo, Peking, Kapstadt, Dar Es Salaam, Durban, Hong Kong, Johannesburg, Kuala Lumpur, London, Maputo, Mumbai, Nairobi, Paris, Perth, Réunion, Rodrigues und Singapur verfügbar.
Um in einen Flug mit Air Mauritius online einchecken zu können, benötigen Passagiere ein gültiges E-Ticket sowie die Flugnummer und das Datum ihres Fluges. Sollten Reisende den Check-in am Flughafen bevorzugen, können sie dies an einem Check-in-Schalter von Air Mauritius tun, ohne dafür extra bezahlen zu müssen.