Der Online-Check-in für Flüge mit AtlasGlobal ist für Passagiere ab 48 Stunden bis 90 Minuten vor Abflug geöffnet. Während des Vorgangs können Reisende ihren bevorzugten Platz wählen und danach ihre Bordkarte ausdrucken. Passagiere, die von folgenden Flughäfen abfliegen, können den Online-Check-in nutzen: Adana, Amsterdam, Arlanda, Antalya, Bodrum, Düsseldorf, Dalaman, Ercan, Gaziantep, Izmir, Istanbul, Kayseri, Konya, Kharkov, Lwiw, London, Paris, Schardscha, Schymkent, Tiflis, Trabzon, Jerewan und Saporischschja.
Andere Möglichkeiten eines Check-ins sind der Check-in an einem Flughafenschalter sowie an einem Check-in-Automaten von AtlasGlobal. Zusätzlich ist auch ein mobiler Check-in möglich, bei dem Passagiere einen Barcode auf ihr Smartphone geschickt bekommen und am Flughafen damit direkt zur Sicherheitskontrolle und danach zum Gate gehen können.