Passagiere können in ihren Flug mit Meridiana ab 7 Tage bis 2 Stunden vor Abflug online einchecken. Neben dem Online-Check-in können Fluggäste auch mit der mobilen App über das Smartphone einchecken und bekommen ihre Bordkarte per SMS zugeschickt. Reisende, die online eingecheckt haben, können sich am Flughafen direkt zum Gepäckabgabeschalter begeben, um ihr Gepäck aufzugeben. Ein Check-in ist auch an einem der Schalter am Flughafen möglich.
Passagiere von Meridiana und Air Italy, die von den folgenden Flughäfen abfliegen, können online einchecken: Bergamo, Bologna, Bari, Kairo, Cagliari, Fuerteventura, Florenz, Kos, Kap Verde, Heraklion, Male, London, Marsa Alam, Mailand Malpensa und Linate, Mauritius, Neapel, Nizza, New York, Olbia, München, Palermo, Rodi, Roma, Paris, Turin, Verona und Sharm el Sheikh.