In Flüge mit Icelandair können Passagiere ab 36 Stunden vor der geplanten Abflugzeit nach Kanada und Europa online einchecken. Für Flüge in die USA ist der Online-Check-in ab 24 Stunden vor Abflug möglich. Der Online-Check-in schließt 60 Minuten vor Abflug zu allen Reisezielen.
Passagiere können in ihren Flug mit Icelandair auch mittels mobilen Check-ins einchecken. Reisende auf Flügen nach New York, Boston, Seattle, Chicago, Washington DC, Minneapolis, Denver, Portland und Orlando können die mobile App für ihren Check-in nutzen, müssen ihre Bordkarte jedoch an einem Check-in-Schalter am jeweiligen Flughafen abholen.
An den Flughäfen Stockholm, London Heathrow, Billund, Oslo Gardemoen, Keflavik sowie Kopenhagen können Passagiere Check-in-Automaten an Flughäfen nutzen, um einzuchecken. Der Check-in an einem Schalter am Flughafen kann für alle Reiseziele kostenfrei genutzt werden.