Nachdem die Fluggesellschaft Balkan Bulgarian Airlines aus finanziellen Gründen ihren Flugbetrieb einstellen musste, wurde im Jahr 2002 die Bulgaria Air als Nachfolgegesellschaft gegründet. Im gleichen Jahr erhielt sie zudem die Lizenz für einige der wichtigsten bulgarischen Flugverbindungen. Nach der Privatisierung wurden von der bulgarischen Gesellschaft Hemus Air nicht nur die Bulgaria Air, sondern auch die Viaggio Air übernommen und zur größten bulgarischen Airline zusammengeschlossen. Alle Flüge werden heute unter dem IATA-Code FB mit einer Flotte aus derzeit zwölf Flugzeugen durchgeführt.
Der Hauptsitz sowie der Heimatflughafen der Fluggesellschaft befinden sich in Sofia, wobei die meisten Flüge über die Drehkreuze Sofia und Varna ausgeführt werden. Wichtige Ziele sind Malaga, London, Rom, Tel Aviv, Athen, Zürich, Lanarka, Prag und Paris. Besondere Bedeutung haben zudem die Flüge von Bulgaria Air nach Frankfurt. Viele Strecken werden im Codesharing-Abkommen, unter anderem mit United Airlines, TAROM, KLM, LOT, Virgin Atlantic, Austrian Airlines, El Al, Alitalia, Aeroflot, Iberia, Aerosvit, Czech Airlines, Air Berlin, Air France und Emirates, betrieben.