Auch Panama hat eine nationale Fluggesellschaft, die unter dem Namen Copa Airlines bekannt ist. Diese wurde 1944 gegründet und betreibt mit fast 9.000 Mitarbeitern weltweit 86 Flugzeuge. Die Flotte soll durch Neubestellungen in den nächsten Jahren nahezu verdoppelt werden. Copa Airlines führt Flüge zu über 70 Destinationen in 30 Ländern durch. Diese befinden sich in Nord-, Mittel- und Südamerika sowie in der Karibik. Weiterhin werden auch einige Weltmetropolen angeflogen. Continental Airlines, welche inzwischen mit United Airlines fusionierte, hält nahezu die Hälfte der Aktien der Gesellschaft. Beispiele für Ziele von Flügen mit Copa Airlines sind Bogotá, Nassau, Rio de Janeiro, Washington D.C., Belo Horizonte, Chicago, Chiclayo, Havana, Las Vegas, Lima, Montévideo, Orlando, Port of Spain, Rosario, Santiago, Tampa, Valencia, Willemstad und Oranjestad. Bis zum Jahr 2009 kooperierte die Fluggesellschaft mit der Luftfahrtallianz SkyTeam, trat jedoch 2012 der konkurrierenden Star Alliance, zu der auch Thai Airways und Lufthansa gehören, bei. Copa Airlines führt Flüge innerhalb von Codesharing-Abkommen mit Cubana, KLM, Condor, TAME, Gol Transportes Aéreos und Aeromexico aus.